|
|
Analýza genů pro ribozomální RNA u variet Brassica napus (řepka olejka)
Dofková, Květoslava ; RNDr.Roman Matyášek, CSc. (oponent) ; Kovařík,, Aleš (vedoucí práce)
Brassica napus (AACC, 2n = 38) je allotetraploidním druhem, který vzešel z křížení diploidních druhů Brassica rapa (AA, 2n = 20) a Brassica oleracea (CC, 2n = 18). Cílem práce bylo provést genetickou a epigenetickou analýzu vysokokopiových genů pro ribozomální RNA (rDNA) u několika variet hybridního druhu B. napus. Experimenty zahrnovaly stanovení poměru rodičovských genů v hybridech, sekvenční a methylační analýzu promotorové oblasti rDNA. Pomocí Southernovy hybridizace byla zjištěna značná proměnlivost v zastoupení rodičovských jednotek rDNA mezi jednotlivými varietami. Data ze sekvenční analýzy byly v dobré shodě s hybridizačními experimenty a u jedné z variet byla pomocí sekvenace odhalena genetická rekombinace mezi rodičovskými jednotkami rDNA. Methylační analýzou, která byla provedena pomocí hydrogensiřičitanového sekvenování, bylo u hybridů zjištěno, že jednotky rDNA původem z B. rapa mají vyšší hodnotu methylace než jednotky původem z B. oleracea.
|
|
|
Sledování vlivu stresových faktorů na kvasinky rodu Metschnikowia pomocí molekulárních technik
Kuljovská, Tereza ; Kovalčík, Adriána (oponent) ; Němcová, Andrea (vedoucí práce)
Molekulární techniky jsou v současné době široce používanými zejména při identifikaci různých druhů mikroorganismů a poskytují spolehlivé a přesné výsledky v poměrně krátkém časovém intervalu. Tato práce se zabývá charakterizací kvasinek rodu Metschnikowia vystavených různým stresovým faktorům a sledováním jejich genomové DNA metodami PCR-DGGE a PFGE. Práce byla soustředěna na analýzu ribosomální rDNA, konkrétně úseky ITS1 a 5,8-ITS2 a genů kódujících D1/D2 domény, jež jsou součástí velké ribosomální podjednotky 26S rDNA, které se běžně užívají při charakterizaci fungálních eukaryotických společenstev. Pro experimenty byly vybrány tři druhy stresových faktorů: osmotický stres (prostředí s obsahem NaCl), oxidační stres (přídavek H2O2 do kultivačního média) a nutriční stres (přídavek konopné mouky/listů a květů jako zdroj uhlíku). Analýza byla provedena pro kmeny Metschnikowia andauensis, Metschnikowia pulcherrima, M. chrysoperlae, M. shanxiensis, M. sinensis a M. zizyphicola. Výsledky prokázali, že ani přídavkem výše zmíněných látek o vyšších koncentracích do produkčních médií nedochází k narušení ribosomální DNA při detekci metodou PCR-DGGE a nedošlo k projevům mutace při srovnání těchto kmenů s kvasinkami kultivovanými za optimálních podmínek. Analýza karyotypů pomocí PFGE ukázala, že navzdory stresovým faktorům DNA některých druhů kvasinek nevykazuje poškození a zůstává intaktní, což ale neplatí pro všechny kmeny, které byly analyzovány. Vzhledem k těmto okolnostem lze konstatovat, že vysoká adaptabilita těchto druhů na stresové prostředí z nich činí slibné biotechnologické producenty a mají potenciál pro využití například i v zemědělství jako nástroje biokontroly ovoce či révy vinné.
|
|
|
Use of DGGE to analysis and identification of selected microorganisms
Jankeje, Kristína ; Čarnecká, Martina (oponent) ; Márová, Ivana (vedoucí práce)
Presented diploma thesis is focused on use of DGGE to analysis and identification of selected microorganisms. PCR-DGGE is a method that allows direct characterization of the microbial community in the natural environment without necessity of cultivation. A literature review is devoted to the principle of the method, current applications and its limitations too. In experimental part microbial DNA was isolated and used as a template for PCR reaction. Microbial DNA was then amplified using the universal eukaryotic primers that target the D1/D2 domain of the 26S subunit of ribosomal DNA. To improve specificity and sensitivity of detection nested PCR was chosen using outer and inner primer pairs. Generated amplicons (250 bp) were consequently separated by DGGE. The analysis of selected microorganisms by DGGE technique was performed after optimization of electrophoresis conditions (in particular the denaturing gradient extent and separation time). Despite the optimization, mutual differentiation among individual yeast strains was not possible since each reference strain was represented by several bands in the same positions. In conclusion DGGE profile obtained from wine musts is discussed. Present bands suggest the major presence of non-Saccharomyces yeasts, yeast-like strain A. pullulans is present in the minority and Saccharomyces yeasts are probably present too. The technique remains open for further optimization, particularly as regards the conditions of polymerase chain reaction.
|
|
|
Sledování vlivu stresových faktorů na kvasinky rodu Metschnikowia pomocí molekulárních technik
Kuljovská, Tereza ; Kovalčík, Adriána (oponent) ; Němcová, Andrea (vedoucí práce)
Molekulární techniky jsou v současné době široce používanými zejména při identifikaci různých druhů mikroorganismů a poskytují spolehlivé a přesné výsledky v poměrně krátkém časovém intervalu. Tato práce se zabývá charakterizací kvasinek rodu Metschnikowia vystavených různým stresovým faktorům a sledováním jejich genomové DNA metodami PCR-DGGE a PFGE. Práce byla soustředěna na analýzu ribosomální rDNA, konkrétně úseky ITS1 a 5,8-ITS2 a genů kódujících D1/D2 domény, jež jsou součástí velké ribosomální podjednotky 26S rDNA, které se běžně užívají při charakterizaci fungálních eukaryotických společenstev. Pro experimenty byly vybrány tři druhy stresových faktorů: osmotický stres (prostředí s obsahem NaCl), oxidační stres (přídavek H2O2 do kultivačního média) a nutriční stres (přídavek konopné mouky/listů a květů jako zdroj uhlíku). Analýza byla provedena pro kmeny Metschnikowia andauensis, Metschnikowia pulcherrima, M. chrysoperlae, M. shanxiensis, M. sinensis a M. zizyphicola. Výsledky prokázali, že ani přídavkem výše zmíněných látek o vyšších koncentracích do produkčních médií nedochází k narušení ribosomální DNA při detekci metodou PCR-DGGE a nedošlo k projevům mutace při srovnání těchto kmenů s kvasinkami kultivovanými za optimálních podmínek. Analýza karyotypů pomocí PFGE ukázala, že navzdory stresovým faktorům DNA některých druhů kvasinek nevykazuje poškození a zůstává intaktní, což ale neplatí pro všechny kmeny, které byly analyzovány. Vzhledem k těmto okolnostem lze konstatovat, že vysoká adaptabilita těchto druhů na stresové prostředí z nich činí slibné biotechnologické producenty a mají potenciál pro využití například i v zemědělství jako nástroje biokontroly ovoce či révy vinné.
|
|
|
Evolution of karyotypes and sex determination in the turtle family Geoemydidae
Clemente, Lorenzo ; Rovatsos, Michail (vedoucí práce) ; Montiel Jimenez, Eugenia Elisabet (oponent) ; Castiglia, Riccardo (oponent)
(ČESKY) Většina studovaných želv vykazuje teplotní určení pohlaví, genotypové určení pohlaví (tj. přítomnost pohlavních chromozomů) bylo zjištěno u této skupiny relativně vzácně. Cílem této práce bylo prozkoumat a rozšířit naše znalosti o evoluci karyotypu a determinaci pohlaví u želv, zejména se zaměřením na čeleď Geoemydidae, čeleď želv s dříve doloženou variabilitou systémů určení pohlaví. Přítomnost pohlavních chromozomů byla zkoumána kombinací konvenčních a molekulárně- cytogenetických technik. Vedle analýzy karyotypu byla zkoumána distribuce konstitutivního heterochromatinu (C-pruhování) a repetitivních elementů, pohlůavní rozdíly pak pomocí komparativní genomové hybridizace (FISH, CGH). Celkem bylo cytogeneticky vyšetřeno 49 druhů želv z devíti čeledí. U čeledi Geoemydidae byla zjištěna pozoruhodná podobnost karyotypů, které se skládají z 2n=52 chromozomů (což je předpokládaný ancestrální diploidní počet chromozomů pro všechny želvy) a podobné topologie lokusů rDNA a telomerních repetic. Sharma et al. (1975) popsali ZZ/ZW pohlavní chromozomy u druhu Pangshura smithii. V analýze předložené v této práci dokládáme potenciálně chybnou identifikaci těchto pohlavních chromozomů v důsledku chybného párování chromozomů při rekonstrukci karyotypu. Navíc heteromorfní pohlavní chromozomy nebyly...
|
|
|
Replikace a transkripce nukleolární DNA
Flusser, Michal ; Smirnov, Evgeny (vedoucí práce) ; Staněk, David (oponent)
Jadérko je nejvýznamnější částí buněčného jádra a je místem, kde je ribosomální RNA (rRNA) syntetizována, zpracovávána a spojena s ribosomálními proteiny. Přestože bylo jadérko studováno po mnoha desetiletí, je jeho strukturální a funkční organizace stále nejasná. Například, není známa role různých typů DNA, které se účastní tvorby jadérek společně s ribosomálními geny. Tato práce shrnuje dosavadní poznatky a názory týkající se jadérka, se zaměřením na dva syntetické procesy, a to replikaci a transkripci v savčích buňkách. Specifické rysy těchto procesů v souvislosti s nukleolární ultrastrukturou zůstávají nevyřešeným problémem moderní molekulární biologie.
|
|
|
Evolution of sex chromosomes and karyotypes in boas and pythons
Charvát, Tomáš ; Rovatsos, Michail (vedoucí práce) ; Majtánová, Zuzana (oponent)
- ABSTRAKT - Hadi (Serpentes) jsou skupinou šupinatých plazů (Squamata), která představuje více než třetinu druhové diverzity plazů. Karyotyp hadů je poměrně konzervativní a nejčastěji má v diploidním stavu 36 chromozomů (16 makro- a 20 mikrochromozomů). Předpokládá se, že toto uspořádání bylo přítomno už u společného předka všech hadů. Majoritní většina hadích druhů patří do skupiny Caenophidia a sdílí homologní ZW pohlavní chromozomy. Hadi ze skupin "Scolecophidia" a "Henophidia" mají převážně nerozlišené, homomorfní pohlavní chromozomy, což v minulosti znemožnilo jejich podrobnější studium. Přítomnost ZW pohlavních chromozomů byla u těchto hadů po desetiletí tedy pouze předpokládána. Nové studie doložily existenci nejen ZW, ale i dvou nehomologních systémů s XY pohlavními chromozomy mimo skupinu Caenophidia. Dokázaly, že systémy určení pohlaví jsou u hadů variabilnější, než se dříve předpokládalo. V této práci bylo studováno osm druhů hadů ze skupiny "Henophidia" (zástupci rodů Eryx, Cylidrophis, Python a Tropidophis) a jeden druh ze skupiny Caenophidia (Ophiophagus hannah) a to za použití konvenčních i molekulárních cytogenetických metod. Pohlavní chromozomy však nebyly nalezeny u žádného ze studovaných druhů skupiny "Henophidia", nýbrž pouze u Ophiophagus hannah ze skupiny Caenophidia. Tento druh má...
|
|
|
Evolution of sex chromosomes in reptiles
Mazzoleni, Sofia ; Rovatsos, Michail (vedoucí práce) ; Zrzavá, Magda (oponent) ; Liehr, Thomas (oponent)
- ABSTRAKT - Mezi obratlovci představují plazi ideální skupinu pro studium determinace pohlaví. Zahrnují totiž linie s pohlavím určeným prostředím (ESD), jak můžeme vidět u krokodýlů a tuatary, linie s genotypovým určením pohlaví (GSD), např. leguány, chameleony, skinky, ještěrky a ptáky, a pár skupin, které mají variabilitu v mechanismech určování pohlaví jako jsou gekoni, agamy a želvy. Tato práce je zaměřena na evoluci pohlavních chromozomů a determinace pohlaví u želv. Většina druhů želv vykazuje ESD, jež je považováno za ancestrální systém určování pohlaví této skupiny, zatímco GSD v podobě samčí či samičí heterogamie se vyvinula nezávisle nejméně pětkrát. Pomocí cytogenetických analýz jsme zkoumali přítomnost pohlavních chromozomů u vybraných zástupců želv. Analýzy zahrnovaly rekonstrukci karyotypů, distribuci konstitutivního heterochromatinu (C-pruhování, analýza akumulace metylovaných skupin) a repetic (pomocí fluorescenční in situ hybridizace) a srovnávací genomovou hybridizaci (CGH), které často odhalí degenerovaný Y nebo W chromozom a mohou být užitečné při identifikace "kryptických" pohlavních chromozomů. Popsali jsme XX / XY chromozomy u sedmi dříve nestudovaných australských zástupců čeledi Chelidae (Pleurodira) z rodů Chelodina, Elseya a Emydura. Navzdory rozdílu v morfologii chromozomů by...
|
|
|
Study of the mechanism of gene expression regulation at the level of functional organization of chromatin domains.
Hornáček, Matúš ; Cmarko, Dušan (vedoucí práce) ; Kučera, Tomáš (oponent) ; Stixová, Lenka (oponent)
- 1 - ABSTRAKT Jadérka (nucleoli) se vytvářejí na základě aktivity genů ribozomální DNA (rDNA), nazývaných Nucleolus Organizer Regions (NOR). Základní komponenty jadérek, fibrilární centra (FC) a denzní fibrilární komponenty (DFC) společně tvoří takzvané FC/DFC jednotky. Tyto jednotky jsou centry transkripce rDNA pomocí RNA polymerázy I (pol I), stejně jako raného procesingu, ve kterém hraje podstatnou roli protein fibrilarin. Každá FC/DFC jednotka pravděpodobně odpovídá jedinému transkripčně aktivnímu genu. V naší práci jsme studovali morfologicko-funkční změny FC/DFC jednotek v průběhu buněčného cyklu. Analýza pomocí korelativní světelné a elektronové mikroskopie prokázala, že pozitivní signály pro polymerázu I a fibrilarin v nukleárních kuličkách odpovídají jednotlivým FC/DFC jednotkám. Pozorování in vivo prokázala, že v časné S fázi, když byly replikovány transkripčně aktivní ribosomální geny, se počet jednotek v každé buňce zvýšil o 60 až 80 %. Během tohoto období jednotky přechodně ztratily pol I ale ne fibrilarin. Poté se až do konce interfáze počet jednotek nezměnil a jejich duplikace se dokončila až po rozdělení buněk v polovině G1 fáze. Tento zvláštní způsob reprodukce naznačuje, že značná podskupina ribozomálních genů zůstává transkripčně tichá od interfáze až po mitózu, ale opět se aktivuje v...
|
|
|
Analýza karyotypu vakonošů (Psychidae, Lepidoptera) metodami klasické a molekulární cytogenetiky
HEJNÍČKOVÁ, Martina
Vzhledem ke svojí fylogenetické pozici hrají vakonoši (Psychidae) důležitou roli ve výzkumu původu chromosomu W u motýlů (Lepidoptera). Několik druhů vakonošů bylo testováno na přítomnost sex-chromatinu a vyšetřeno komparativní genomovou hybridizací. Navíc byl u samic pozorován lichý počet chromosomů a Z univalent. Tato práce přináší celistvý důkaz o absenci chromosomu W u vakonošů, čímž přispívá ke komplexním znalostem o evoluci chromosomu W. U vybraných druhů byl navíc analyzován karyotyp za použití rDNA a histon H3 sond. Výsledky naznačují relativní stabilitu karyotypu.
|
host ::
RSS.